In de vergadering van de raden van Politie op 7 maart 1685 werd besloten tot de oprichting van een fort op de samenvloeiing van de rivieren Commewijne en Cottica. Het ontwerp van het fort was toevertrouwd aan de Nederlandse vestingbouwer Robert Paen. De daadwerkelijke constructie begon in 1686, waarbij het bos op het bouwterrein al in mei van dat jaar was gekapt, zoals genoteerd door een groep reizigers, waaronder labadisten, in hun dagboek.

Waarschijnlijk was het fort rond 1688 voltooid. Als eerbetoon aan de initiatiefnemer, gouverneur Aersen van Sommelsdijck, werd besloten het fort de naam "Sommelsdijk" te geven. De bastions werden genoemd naar Nicolaas (Witsen), Willem, Nassau, Marie en Oranje, zoals vermeld in een brief van de directie van de Geoctroyeerde Societeit aan de gouverneur. Helaas werd Aersen van Sommelsdijck vóór ontvangst van de brief vermoord door muitende soldaten.

Met de oprichting van het fort werden de riviergedeelten stroomopwaarts ervan beveiligd, waardoor de aanleg van plantages kon beginnen. Tot die tijd bevonden plantages zich alleen ver stroomopwaarts van Cottica en Commewijne, ver weg van potentiële koloniale vijanden.

Na de opening van Fort Nieuw-Amsterdam aan de monding van de Commewijne in 1747 verloor Fort Sommelsdijk zijn militaire functie en werd het opgeheven. Later werd op die locatie een zendingspost van de Evangelische Broedergemeente (EBG) gevestigd.

In 1715 stelde landmeter Gustavus Palm een plan op voor de versterking van het fort, wat als noodzakelijk werd beschouwd na de inval van Cassard in 1712. Palm ontwierp een reeks zware batterijen, deels geplaatst op verhoogde stenen bastions die hij "Schietkatten" noemde. Onder deze bastions werden kruitkelders ingegraven. Een opvallend voorstel van Palm was het gebruik van kettingen om de rivieren af te sluiten.

Uiteindelijk werd besloten om een nieuw fort te bouwen op de samenvloeiing van de Commewijne- en Surinamerivier. Dit maakte de versterking van fort Sommelsdijk overbodig.

In 1748 werd fort Sommelsdijk opgeheven, een besluit dat volgde op de ingebruikname van fort Nieuw-Amsterdam. Na deze opheffing bleven alleen een hospitaal en een militaire post op die locatie gehandhaafd.

In 1785 verkreeg de Evangelische Broedergemeente (EBG) op 3 januari grond van gouverneur Wichers om een zendingspost op te richten op de locatie. In 1788 werd een zendingsarts benoemd en in 1789 werd er een hospitaal gebouwd. De zendingsactiviteiten gericht op de slavenbevolking werden echter met argwaan bekeken door de planters, en de EBG slaagde er niet in dit wantrouwen te overwinnen. In 1818 werd de zendingspost gesloten. Op dat moment telde de gemeente Sommelsdijk 150 leden.