Rond 1640 vestigden zich aan de Cassipora-kreek de eerste Joden. Zij waren voor vervolging door de Inquisitie uit Spanje gevlucht en begonnen met de aanleg van suikerrietplantages waarop zij ook slaven hielden. Rond 1650 kwam een tweede groep Joden, dit keer uit Engeland. Een derde groep, onder leiding van David Cohen Nassy, kwam uit Mauritsstad (Brazilië) naar Suriname. Ze waren aanvankelijk vanuit Spanje naar Nederlands Brazilië gevlucht en hadden daar samen met de Nederlanders plantages gesticht op uitnodiging van gouverneur Johan Maurits. Toen het Nederlandse gebied in Brazilië in 1654 door de Portugezen werd veroverd, ontvluchtte een groot deel van de joden het gebied. Sommigen vestigden zich in Cayenne (het huidige Frans-Guyana) en Guadeloupe en anderen in Suriname. Mogelijk woonden zij aanvankelijk nabij Torarica. Toen de Fransen in 1664 Cayenne op de Nederlanders veroverden, vestigden ook vele joden uit dat gebied zich in Suriname.

Om meer planters aan te trekken kreeg de Joodse gemeenschap in Suriname op 17 augustus 1665 vrijheid van godsdienst, mogelijk ook het recht een synagoge en een school te stichten. Toen Abraham Crijnssen in 1667 Suriname veroverde op de Engelsen, liet hij de rechten van de joden ongemoeid. Na de Vrede van Breda in 1667 waarbij Suriname definitief Nederlands gebied werd, kregen de Joden in Suriname in 1669 officieel toestemming voor het stichten van een eigen gemeenschap met een synagoge en een begraafplaats.

De nieuwe landbouwkolonie, enkele kilometers van Cassipora, kreeg later de naam Jodensavanne. In 1685 werd hier een stenen synagoge gebouwd die de naam Berachah Ve Shalom ('Zegen en vrede') kreeg. In 1691 verleende Jan van Scharphuysen aan de Jodensavanne de wettelijke status van nederzetting. In 1694 telde de Jodensavanne ongeveer 9.570 zielen, waarvan 9.000 slaven. Er waren toen meer dan veertig plantages.

Jan van Scharphuysen draaide wel een beslissing van zijn voorganger Cornelis van Aerssen terug. Deze had de planters namelijk toestemming verleend op zaterdag hun slaven vrijaf te geven en in plaats daarvan op zondag te laten werken.

In de achttiende eeuw was Jodensavanne op zijn grootst. Veel Joden waren aangesloten bij een loge van de Vrijmetselarij.

In 1832 werd Jodensavanne vrijwel geheel door brand verwoest. Het was toen al grotendeels verlaten; de inwoners waren naar Paramaribo getrokken.

Tijdens de Tweede Wereldoorlog werd bij Jodensavanne een barakkenkamp gebouwd, Kamp Jodensavanne, dat in september 1942 in gebruik werd genomen tot 15 juli 1946. Hier werden 146 als onverzoenlijken aangemerkte geïnterneerden ondergebracht die afkomstig waren uit Nederlands-Indië, overwegend leden van de Indische NSB en enkele bij het uitbreken van de oorlog in Indië wonende Duitsers, voornamelijk leden van de NSDAP.

Nadat in 1967 de TRIS het gebied had ontdaan van begroeiing ontwikkelde architect Tjin A Djie in 1971 een plan voor het beheer van Jodensavanne. Op 11 oktober van dat jaar werd de Stichting Jodensavanne (SJS) opgericht. Twee jaar later werd het terrein schoongemaakt. De resten van de synagoge werden beschermd en er werd een bezoekerscentrum gebouwd. Tijdens de Binnenlandse Oorlog kon het gebied niet worden beheerd, omdat het in betwist gebied lag. De restanten verdwenen weer onder het oerwoud. In 1999 werd het gebied opnieuw schoongekapt.

Na de binnenlandse oorlog werd Stichting Jodensavanne heropgericht en stond tot in 2009 onder leiding van Guido Robles. De stichting conserveert en onderhoudt Jodensavanne, dat sinds 2009 tot Nationaal Monument is benoemd en bij wet wordt beschermd. Het beheer gebeurt in nauwe samenwerking met het inheemse dorp Redidoti, dat op korte afstand is gelegen van de monumenten. Zowel Jodensavanne als de begraafplaats Cassipora zijn toegankelijk voor bezoekers.

Jodensavanne staat sinds 1999 op een tentatieve lijst voor Werelderfgoed van de UNESCO. Het is de enige plaats in de Amerika's waar 17e-eeuwse Joden een autonome nederzetting hebben gehad, waarin vrijheid van godsdienst, rechtspraak en zelfs een eigen militie aanwezig waren. De begraafplaatsen in het regenwoud van Suriname zijn goed geconserveerd.